Όπως σημειώνει η Ευρωπαική Επιτροπή, τα βιοκαύσιμα ρυπαίνουν περισσότερο εάν ληφθούν υπόψη οι συνέπειες της έμμεσης αλλαγής χρήσης γης (ILUC) για την παραγωγή τους. Ο όρος αυτός σχετίζεται με την παραγωγή περισσότερων εκπομπών διοξειδίου του άνθρακα κατά την επέκταση των καλλιεργειών για την παραγωγή αιθανόλης ή βιοντίζελ.
Επιστήμονες και μη κυβερνητικές οργανώσεις έχουν κατ' επανάληψη επισημάνει ότι η Ευρωπαϊκή Ένωση υποτιμά τις εκπομπές διοξειδίου του άνθρακα από τα βιοκαύσιμα, καθώς στους υπολογισμούς της παραβλέπει τις εκπομπές από την καταστροφή δασών και υγροτόπων ή τη μετατόπιση καλλιεργειών για να καλυφθούν από ενεργειακές καλλιέργειες.
Επιστήμονες και μη κυβερνητικές οργανώσεις έχουν κατ' επανάληψη επισημάνει ότι η Ευρωπαϊκή Ένωση υποτιμά τις εκπομπές διοξειδίου του άνθρακα από τα βιοκαύσιμα, καθώς στους υπολογισμούς της παραβλέπει τις εκπομπές από την καταστροφή δασών και υγροτόπων ή τη μετατόπιση καλλιεργειών για να καλυφθούν από ενεργειακές καλλιέργειες.